عند دخولك من باب زويلة ستجد هذا المسجد ملاصقا للبوابة والذي قال عنه المقريزي : "فهو الجامع لمحاسن البنيان، الشاهد بفخامة أركانه، وضخامة بنيانه أن منشئه سيد ملوك الزمان، يحتقر الناظر له عند مشاهدته عرش بلقيس وإيوان كسرى أنوشروان، ويستصغر من تأمل بديع أسطوانه الخورنق وقصر غمدان..".
في سنة اثنتين وعشرين وثمانمائة الموافق 1419 ميلاديا فيها كملت عمارة جامع الملك المؤيد شيخ الذي هو داخل باب زويلة وكان مكان هذا الجامع سجنا يحبس فية اصحاب الجرائم وكان يعرف بخزانة شمايل وكان شمايل هذا من جملة جماعة والي القاهرة فلما خرج الملك الكامل صاحب المدرسة الكاملية الي قتال الفرنج لما اخذوا ثغر دمياط كان شمايل هذا يمشي في ركاب الملك الكامل ويسبح في البحر تحت الليل ويكشف عن اخبار الفرنج وياتي الملك الكامل بالاخبار فحظي عندة بذلك فلما انتصر الملك الكامل علي الفرنج جعل شمايل هذا والي القاهرة فبني له هذا السجن فنسب الية وقيل خزانة شمايل
وكان الملك المؤيد شيخ من جملة من حبس في خزانة شمايل في دولة الملك الناصر فرج بن برقوق فقاسي بها شدائد عظيمة فنذر في نفسة ان خلص من هذة الشدة وبقي سلطانا يهدم هذا السجن ويبني مكانة جامعا فلما تولي الملك بمصر هدمة وبني مكانة هذا الجامع
وقد تناهي في زخرفتة وسقوفة وابوابة ولكنة ظلم اعيان الناس في تحصيل رخامة وصاروا يكبسون البيوت والحارات بسبب الرخام فظلم خلق الله حتي حصل هذا الرخام ومن جملة ظلمة فية انه اخذ باب مدرسة السلطان حسن والتنور الكبير وجعلهما في جامعة واعطي فيها ابخس الاثمان
واخذ العمودين السماق اللذين في المحراب من جامع قوصون الذي بالقرب من بركة الفيل وزرع اخشاب سقوفة ودهانها علي اعيان المباشرين
ولما تم بناء هذا الجامع وقف علية الاوقاف الجليلة من بلاد ومسقفات وقرر فية حضورا من بعد العصر ورتب لهم جوامك وخبزا وقرر الحضور الشيخ شمس الدين الديري الحنفي وجعل الخطابة للقاضي ناصر الدين بن البارزي واودع بهذا الجامع خزانة كتب نفيسة
وبعد ذلك رسم المؤيد شيخ بان تملآ الفسقية التي في صحن الجامع سكرا وماء ليمون فملئت سكرا ووقف رؤس النواب يفرقون السكر علي الناس بالطاسات
وخلع في ذلك اليوم علي جماعة كثيرة من المشدين والمهندسين والبنائين والمرخمين والنجارين فلما كان يوم الجمعة حضر بالجامع القضاة الاربعة وسائر الامراء وارباب الوظائف واعيان العلماء وخطب في ذلك اليوم القاضي ناصر الدين بن البارزي كاتب السر الشريف خطبة بليغة وكان يوما مشهودا
فلما كان وقت الحضور في الجامع اجتمع الطلبة وخرج الشيخ شمس الدين الديري من الخلوة وقدامة ولد السلطان المقر الصارمي ابراهيم وهو حامل سجادة الشيخ شمس الدين الديري حتي فرشها له في المحراب
ومن الحوادث التي اصابت هذا المسجد انه لما بنوا مئذنتي هذا الجامع مالت احداهما الي السقوط عندما كملت فرسم بهدمها ثم اعيدت ثانيا
في سنة اثنتين وعشرين وثمانمائة الموافق 1419 ميلاديا فيها كملت عمارة جامع الملك المؤيد شيخ الذي هو داخل باب زويلة وكان مكان هذا الجامع سجنا يحبس فية اصحاب الجرائم وكان يعرف بخزانة شمايل وكان شمايل هذا من جملة جماعة والي القاهرة فلما خرج الملك الكامل صاحب المدرسة الكاملية الي قتال الفرنج لما اخذوا ثغر دمياط كان شمايل هذا يمشي في ركاب الملك الكامل ويسبح في البحر تحت الليل ويكشف عن اخبار الفرنج وياتي الملك الكامل بالاخبار فحظي عندة بذلك فلما انتصر الملك الكامل علي الفرنج جعل شمايل هذا والي القاهرة فبني له هذا السجن فنسب الية وقيل خزانة شمايل
وكان الملك المؤيد شيخ من جملة من حبس في خزانة شمايل في دولة الملك الناصر فرج بن برقوق فقاسي بها شدائد عظيمة فنذر في نفسة ان خلص من هذة الشدة وبقي سلطانا يهدم هذا السجن ويبني مكانة جامعا فلما تولي الملك بمصر هدمة وبني مكانة هذا الجامع
وقد تناهي في زخرفتة وسقوفة وابوابة ولكنة ظلم اعيان الناس في تحصيل رخامة وصاروا يكبسون البيوت والحارات بسبب الرخام فظلم خلق الله حتي حصل هذا الرخام ومن جملة ظلمة فية انه اخذ باب مدرسة السلطان حسن والتنور الكبير وجعلهما في جامعة واعطي فيها ابخس الاثمان
واخذ العمودين السماق اللذين في المحراب من جامع قوصون الذي بالقرب من بركة الفيل وزرع اخشاب سقوفة ودهانها علي اعيان المباشرين
ولما تم بناء هذا الجامع وقف علية الاوقاف الجليلة من بلاد ومسقفات وقرر فية حضورا من بعد العصر ورتب لهم جوامك وخبزا وقرر الحضور الشيخ شمس الدين الديري الحنفي وجعل الخطابة للقاضي ناصر الدين بن البارزي واودع بهذا الجامع خزانة كتب نفيسة
وبعد ذلك رسم المؤيد شيخ بان تملآ الفسقية التي في صحن الجامع سكرا وماء ليمون فملئت سكرا ووقف رؤس النواب يفرقون السكر علي الناس بالطاسات
وخلع في ذلك اليوم علي جماعة كثيرة من المشدين والمهندسين والبنائين والمرخمين والنجارين فلما كان يوم الجمعة حضر بالجامع القضاة الاربعة وسائر الامراء وارباب الوظائف واعيان العلماء وخطب في ذلك اليوم القاضي ناصر الدين بن البارزي كاتب السر الشريف خطبة بليغة وكان يوما مشهودا
فلما كان وقت الحضور في الجامع اجتمع الطلبة وخرج الشيخ شمس الدين الديري من الخلوة وقدامة ولد السلطان المقر الصارمي ابراهيم وهو حامل سجادة الشيخ شمس الدين الديري حتي فرشها له في المحراب
يضم المسجد أربع واجهات: الواجهة الشرقية منها هي الواجهة الرئيسية المحتفظة بكاملها، وهي مرتفعة تزينها وزرات رخامية في أعتاب نوافذها وصحنجاتها كما غطى كل شباكين من شبابيكها بقرنص واحد، ويقع المدخل الرئيسي في الطرف الشمالي يصعد إلى بابه من الخشب المصفح بالنحاس المكفت بالذهب والفضة نقلهما المؤيد شيخ من مدرسة السلطان حسن، وما يزال اسم السلطان حسن منقوشًا على هذا الباب الذي يعتبر من أجمل وأدق الأبواب النحاسية في زمانه، وهذا الباب يؤدي إلى دركاة سقفها مرتفع على هيئة مصلبة حجرية وبها تربيعتان من الرخام مكتوب في كل منهما بالخط الكوفي المربع آية الكرسي، وعلى يمينه ويساره بابان: الأيمن يؤدي إلى طرقة مفروشة بالرخام على يسارها مزيرة عليها حجاب من خشب الخرط عليها تاريخ إصلاحه (1308هـ - 1890)، وتنتهي هذه الطرقة بباب يؤدي إلى مؤخر الرواق الشرقي، والباب الثاني على يسار الدركاة يؤدي إلى قبة شاهقة الارتفاع مبنية بالحجر، وحلي سطحها بزخارف دالية. وبهذه القبة قبران: أحدهما قبر ابنه الصارمي إبراهيم وإخوته المظفر أحمد، وأبو الفتح موسى، والقبر الثاني هو قبر المؤيد شيخ عليه تركيبة رخامية يحيط بها مقصورة من الخشب الخرط مكتوب على بابها اسم يشبك بن مهدي. ولقد كان له أربعة أروقة تحيط بالصحن لكنها تهدمت ولم يبق منها سوى الرواق الشرقي.
يتوسط جدار القبلة محراب مكسوٌ بالرخام الملون يكتنفه عمودان أحمران لهما تيجان عربية مذهبة، والمحراب حافل بمختلف الألوان والزخارف، واتخذ مهندسه من باب زويلة قاعدتين ليقيم مئذنتين للمسجد، وهما مئذنتان رشيقتان، لكل منهما ثلاث دورات حليت بالكتابة والنقوش وتقوم الدورة الثالثة على أعمدة رشيقة ذات خوذة كمثرية الشكل يعلوها هلال نحاسي ويُلاحظ أن المئذنة تحمل نصًا كتابيًا "عمل هذه المئذنة المباركة العبد الفقير إلى الله محمد بن القزاز، وكان الفراغ أول رجب سنة اثنتين وعشرين وثمان مائة"، وكان للجامع مكتبة قيمة ومدرسون عُيِّنوا لتدريس العلوم الدينية وذلك ابتداء من سنة (822هـ)، ولقد مرت بالمسجد حالات من التلف والتخريب لكن أجريت له بعض الأعمال الإصلاحية لاسيما على يد لجنة حفظ الآثار العربية منذ نهاية القرن التاسع عشر.